废标保证金要退还的。经评标委员会评审，投标文件有重大偏差或其他原因被依法依规作废标处理的投标人，可以凭招标人出具的书面证明到招标中心办理投标保证金退还手续（法律法规规定要没收投标保证金的除外）。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国招标投标法实施条例》第五十七条招标人和中标人应当依照招标投标法和本条例的规定签订书面合同，合同的标的、价款、质量、履行期限等主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。招标人最迟应当在书面合同签订后5日内向中标人和未中标的投标人退还投标保证金及银行同期存款利息。
